दूसरा स्तर जैविक सुरक्षा कैबिनेट जैविक सुरक्षा कैबिनेट के समान है। गैस बाहरी से जैविक सुरक्षा कैबिनेट में भी बहती है, जिसे आम तौर पर प्रवाह कहा जाता है। इन्फ्लो कैबिनेट की फ्रंट ऑपरेटिंग विंडो से प्रयोगशाला में भागने से माइक्रोबायोलॉजिकल ऑपरेशंस के दौरान उत्पन्न एयरोसोल को रोकता है। हालांकि, वे प्राथमिक बायोसाफ्टी अलमारियों से भिन्न होते हैं जिसमें केवल HEPA- फ़िल्टर (बाँझ) हवा को कार्य सतह पर बहने की अनुमति है। एक अंतर्निर्मित प्रशंसक कैबिनेट में और फ्रंट ग्रिल में सामने के उद्घाटन के माध्यम से हवा खींचता है। इसलिए, फ़िल्टर द्वारा फ़िल्टर नहीं किया गया हवा सीधे कामकाजी क्षेत्र में प्रवेश नहीं करेगा, जिससे सुरक्षा कैबिनेट के अंदर संग्रहीत नमूने और उपकरणों की सुरक्षा बाहरी हवा से दूषित हो सके।
द्वितीयक जैविक सुरक्षा कैबिनेट की एक अनूठी विशेषता यह है कि फिल्टर लंबवत स्तरित (गैर-दिशात्मक) HEPA फ़िल्टर द्वारा फ़िल्टर किया जाता है और कैबिनेट के अंदर हवा का नीचे प्रवाह होता है। हवा का निरंतर प्रवाह कैबिनेट के अंदर आंतरिक वायु-संक्रमण संक्रमण पैदा कर सकता है, जिससे कैबिनेट में संक्रमण से जुड़े नमूनों की रक्षा हो सकती है। इस तरह के वायु प्रवाह को अव्यवस्था कहा जाता है।
विभिन्न प्रकार के माध्यमिक जैविक सुरक्षा अलमारियों के बीच मुख्य अंतर यह है कि निकास गैस का अनुपात और उच्च दबाव पर हवा के माध्यम से पुन: परिचालित गैस के अनुपात अलग-अलग होते हैं। इसके अलावा, विभिन्न माध्यमिक जैविक सुरक्षा अलमारियों में अलग-अलग निकास विधियां होती हैं: कुछ सुरक्षा अलमारियाँ सीधे कमरे में हवा को फ़िल्टर करती हैं, और कुछ समर्पित वेंटिलेशन नलिका से जुड़े आवरण के माध्यम से या भवन की निकास प्रणाली के माध्यम से निकलती हैं। इमारत के बाहर।
उपरोक्त वर्णित मतभेदों के अलावा, सभी माध्यमिक जैविक सुरक्षा अलमारियाँ, जैसे कि टायर 1 जैविक सुरक्षा अलमारियाँ, ऑपरेटर और प्रयोगशाला वातावरण को नुकसान से बचा सकती हैं। इसके अलावा, द्वितीयक सुरक्षा कैबिनेट भी माइक्रोबियल संचालन के दौरान उत्पाद के नमूनों को प्रदूषण से बचाता है। माध्यमिक जैविक सुरक्षा कैबिनेट का प्रयोग जैविक कारक संचालन में जैविक सुरक्षा के एक, दो, या तीन स्तरों पर किया जा सकता है।