1.1 वायु आपूर्ति प्रणाली की विफलता
संपूर्ण एचवीएसी प्रणाली में, वायु आपूर्ति प्रणाली एक बहुत ही महत्वपूर्ण भूमिका निभाती है। क्योंकि वायु आपूर्ति प्रणाली प्रभावी रूप से निकास प्रणाली के सामान्य संचालन को सुनिश्चित कर सकती है, एक बार प्रयोगशाला में कोई विफलता होने पर, प्रयोगशाला कर्मियों को खाली करने की आवश्यकता होती है। इस निकासी अवधि के दौरान, वायु आपूर्ति प्रणाली संपूर्ण जैविक प्रयोगशाला के लिए अच्छा नकारात्मक दबाव प्रदान कर सकती है। यह न केवल कर्मचारियों की निकासी के लिए एक अच्छा प्रसंस्करण वातावरण प्रदान करेगा, बल्कि यह भी सुनिश्चित करेगा कि जैविक प्रयोगशाला का आंतरिक वातावरण अपेक्षाकृत स्थिर हो। हालांकि, अगर वायु आपूर्ति प्रणाली विफल हो जाती है, तो कर्मचारियों की निकासी के दौरान सुरक्षा दुर्घटना का कारण बनना आसान है।
1.2 सेंसर विफलता
सेंसर मुख्य रूप से जैविक प्रयोगशालाओं के एचवीएसी सिस्टम में सिग्नल ट्रांसमिट करने के लिए जिम्मेदार है। एक बार सेंसर विफल हो जाने पर, यह प्रेषित संकेतों में त्रुटियों का कारण बनेगा। इस तरह, जब सिस्टम चल रहा होता है, तो यह सिस्टम की पूर्व निर्धारित प्रक्रियाओं से ही विचलित हो जाएगा। इसलिए, डिजाइन प्रक्रिया में, बिल्डरों और डिजाइनरों को सेंसर के प्रदर्शन और स्थिरता का मज़बूती से पता लगाना चाहिए, और फिर इसे उपयोग में लाना चाहिए। लेकिन वास्तव में, सेंसर की प्रतिक्रिया विशेषता को नजरअंदाज करना आसान है। एक बार जब इस प्रतिक्रिया विशेषता को नजरअंदाज कर दिया जाता है, तो यह सीधे डिबगिंग परिणाम के डिजाइन मूल्य के साथ समस्याएं पैदा करेगा, और सिग्नल ट्रांसमिशन में त्रुटि से अधिक गंभीर दुर्घटनाएं हो सकती हैं।

1.3 निकास प्रणाली की विफलता
पूरे सिस्टम में एग्जॉस्ट फैन का फेल होना बेहद गंभीर है। ऐसा इसलिए है क्योंकि जैविक सुरक्षा प्रयोगशाला के वेंटिलेशन सिस्टम को परिवर्तनशील आवृत्ति निकास करने के लिए निकास पंखे का उपयोग करना चाहिए। ऐसा इसलिए है क्योंकि जैविक प्रयोगशालाएं अक्सर उच्च-जैव-खतरा प्रयोग करती हैं, भले ही वे दिन में काम कर रहे हों, किसी भी सकारात्मक दबाव की अनुमति नहीं है। इसलिए, एचवीएसी और एचवीएसी स्वचालित नियंत्रण प्रणालियों के लिए डिजाइन आवश्यकताएं बहुत अधिक हैं। विशिष्ट विवरणों में यह शामिल है कि जब निकास पंखा या निकास पंखा आवृत्ति रूपांतरण विफलता होती है, तो सिस्टम को स्वचालित रूप से बैकअप निकास पंखे और उसके इन्वर्टर पर स्विच करने में सक्षम होने की आवश्यकता होती है। केवल इस तरह से पूरे प्रयोगशाला कक्ष में नकारात्मक दबाव अच्छी स्थिति में हो सकता है। लेकिन वास्तव में, एक बार एग्जॉस्ट फैन में समस्या आने पर एग्जॉस्ट फैन बंद हो जाएगा और इस तरह के शटडाउन से पूरा सिस्टम खराब हो जाएगा।